[{"content":" 自动获取 Anki 中当天待复习+新学的单词\n调用 OpenAI 兼容 API（DeepSeek、OpenAI 等）生成自然英语短文\n支持自动检测单词字段，也可手动指定笔记类型和字段\n短文后自动按词性分类列出目标单词及释义\n可选附带中文翻译\n支持手动触发或进入复习时自动生成\n短文可保存为本地 TXT 文件\n1.安装Anki（桌面端，windows为例） 在Anki官网下载anki桌面端，并安装。\n导入单词表（可以在Shared Decks - AnkiWeb寻找合适的单词表,下载.apkg文件）\n2.安装插件 下载插件文件进行本地安装。\n在Anki界面的菜单栏选择，工具——插件——本地安装——双击下载的插件文件\n3.插件设置 打开插件设置\napi设置 API endpoint：填入ai模型的url\nAPI key：填入自己的ai的api key\nmodel：选择生成短文想使用的模型\n可以点击测试链接以确保api的使用\n生成设置 设置每篇短文中所包含的输入的学习单词数\n设置每篇短文总单词数\n也可以在生成界面设置，插件设置界面为全局默认设置\n保存生成文件（txt）的路径\n","date":"2026-05-19T22:25:54+08:00","permalink":"https://chemcheems.top/p/%E6%9C%AA%E5%91%BD%E5%90%8D/","title":"ai生成短文辅助记忆单词（Anki插件）"},{"content":"","date":"2026-05-17T14:47:43+08:00","permalink":"https://chemcheems.top/p/index/","title":"机器学习辅助高通量计算筛选"},{"content":"","date":"2026-05-17T14:47:43+08:00","permalink":"https://chemcheems.top/p/index/","title":"有机化学organic chemistry"},{"content":"","date":"2026-05-17T14:43:30+08:00","permalink":"https://chemcheems.top/p/aktins/","title":"物理化学Physical Chemistry"},{"content":"Blender原子着色方案 用于Materials Studio和Blender中材料结构可视化的标准配色。\n原子配色表 原子/元素 R G B O 0.910 0.262 0.251 N 0.384 0.674 0.871 C 0.986 0.957 0.910 Zn 0.462 0.341 0.634 F 0.329 0.643 0.337 三角面 0 0.682 0.906 键与面设置 属性 R G B Bond 1 0.843 0 显示设置 原子面积合并：5e-6 ","date":"2026-03-13T18:13:52+08:00","permalink":"https://chemcheems.top/p/blender-colors/","title":"blender配色"},{"content":"Raspa2 高通量筛选流程 1. 文件准备及环境配置 1.1 准备以下文件 文件 用途 force_field_mixing_rules.def 力场混合规则 pseudo_atoms.def 赝原子定义 high_through_zeo.py Zeo++ 高通量脚本 simulate_raspa2_c.py Raspa2 模拟脚本 (C) simulate_raspa2_HeVF.py Raspa2 He 孔隙率脚本 simulate_raspa2_KH-Qst.py Raspa2 Qst 计算脚本 1.2 将文件放置到项目目录 graph TD; A[high_throughput_projet] --\u0026gt; B(cifs); B --\u0026gt; F[准备cif数据集]; A --\u0026gt; C[上述py文件]; A --\u0026gt; D[force_field_mixing_rules.def]; A --\u0026gt; E[pseudo_atoms.def]; A --\u0026gt; G[CO2.def] 其中 /cifs 为默认放置 cif 文件的文件夹名，可在各 py 文件中修改\n2. 修改 Network 路径配置 安装 Zeo++ 后，在终端输入： 1 nano ~/.bashrc 在文件末尾添加： 1 export PATH=\u0026#34;/home/username/software/zeo++-0.3:$PATH\u0026#34; 使其生效： 1 source ~/.bashrc 3. 修改 Python 文件配置 3.1 修改 Conda 环境名称 1 2 3 4 5 6 7 8 subprocess.run( [CONDA_EXE, \u0026#34;run\u0026#34;, \u0026#34;-n\u0026#34;, \u0026#34;raspa2_env\u0026#34;, \u0026#34;simulate\u0026#34;], cwd=sim_dir, check=True, capture_output=True, text=True, ) # 将 raspa2_env 改为你的 conda 环境名 3.2 修改多进程数 1 2 with ProcessPoolExecutor(max_workers=56) as executor: # 将 max_workers 设为需要使用的物理核数 可在终端使用 lscpu 获取 CPU 信息，Core(s) per socket: 即为物理核数\n","date":"2026-03-13T18:13:52+08:00","permalink":"https://chemcheems.top/p/raspa2-high-throughput/","title":"raspa2的高通量筛选"},{"content":"Raspa2 模拟流程示例 本文介绍使用 Materials Studio 和 Raspa2 进行气体吸附模拟的完整流程。\n1. 结构优化（Geometry Optimization） 以 MS 的 Forcite 模块为例进行结构优化。\n打开 MS 并导入 cif 文件 点击 MS 菜单选择 Modules → Forcite → Calculation 将 Task 选项改为 Geometry Optimization（点击 More 可打开高级选项） 在 Setup 中选择精度（推荐 Smart, Ultra-fine） 在 Energy 选项中： 力场（Forcefield）：Universal 质量（Quality）：Ultra-fine 点击 Run 开始计算 计算完成后，选择文件夹中 .xsd 后缀的文件：\n点击 File → Export，格式选择 CIF 至此，获得结构优化后的 cif 文件 2. 氦气孔隙率模拟 2.1 文件结构 1 2 3 4 5 6 RASPA_Simulation/ ├── simulation.input ├── force_field_mixing_rules.def ├── helium.def ├── pseudo_atoms.def └── Zn2(dobpdc)-o.cif 2.2 simulation.input 示例 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 SimulationType MonteCarlo NumberOfCycles 30000 NumberOfInitializationCycles 3000 PrintEvery 1000 RestartFile no Forcefield local UseChargesFromCIFFile yes CutOff 10.5 Framework 0 FrameworkName Zn2(dobpdc)-0 UnitCells 1 1 4 ExternalTemperature 298.0 Component 0 MoleculeName helium MoleculeDefinition local WidomProbability 1.0 CreateNumberOfMolecules 0 将 FrameworkName 改为你自己的 cif 文件名\n2.3 运行结果 模拟完成后产生以下文件：\n1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 RASPA_Simulation/ ├── simulation.input ├── force_field_mixing_rules.def ├── helium.def ├── pseudo_atoms.def ├── Zn2(dobpdc)-o.cif ├── Movies/ ├── Output/ ├── Restrat/ └── VTK/ # 可视化文件（可选） 使用 9950X 单核模拟，耗时约 3 分钟\n2.4 获取孔隙率 打开 Output → system0 → output 文件，查找 Average Widom Rosenbluth-weight：\n1 [helium] Average Widom Rosenbluth-weight: 0.249963 +/- 0.000741 [-] 0.249963 为氦气孔隙率 0.000741 为误差 3. 气体吸附模拟 孔隙率测定完成后，即可进行正式的气体吸附模拟。\n3.1 文件结构（以 CO₂ 为例） 1 2 3 4 5 6 RASPA_Simulation/ ├── simulation.input ├── force_field_mixing_rules.def ├── CO2.def ├── pseudo_atoms.def └── Zn2(dobpdc)-o.cif 3.2 simulation.input 示例 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 SimulationType MonteCarlo NumberOfCycles 1000000 NumberOfInitializationCycles 1000000 PrintEvery 1000 Forcefield local UseChargesFromCIFFile yes ChargeMethod Ewald CutOff 12 Framework 0 FrameworkName Zn2(dobpdc)-o UnitCells 2 2 4 HeliumVoidFraction 0.249963 ExternalTemperature 298 ExternalPressure 100000 ComputeDensityProfile3DVTKGrid yes WriteDensityProfile3DVTKGridEvery 100000 DensityProfile3DVTKGridPoints 150 150 150 AverageDensityOverUnitCellsVTK yes DensityAveragingTypeVTK FullBox Component 0 MoleculeName CO2 MoleculeDefinition local IdealGasRosenbluthWeight 1.0 TranslationProbability 1.0 RotationProbability 1.0 ReinsertionProbability 1.0 SwapProbability 2.0 CreateNumberOfMolecules 0 将 HeliumVoidFraction 替换为上一步测得的孔隙率值\n3.3 运行结果 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 RASPA_Simulation/ ├── simulation.input ├── CO2.def ├── force_field_mixing_rules.def ├── pseudo_atoms.def ├── Zn2(dobpdc)-o.cif ├── Movies/ ├── Output/ ├── Restrat/ └── VTK/ 使用 9950X 单核模拟，耗时约 24 小时\n3.4 结果分析 在 Output → system0 → output 文件中查找感兴趣的结果。\n参考资料 RASPA 官网 RASPA 手册 ","date":"2026-03-13T18:13:52+08:00","permalink":"https://chemcheems.top/p/raspa2-workflow/","title":"关于raspa2模拟流程示例"},{"content":"1.打开multiwfn并导入文件（.cif文件） 1）直接拖入文件到multiwfn或输入文件路径 回车（加载文件信息并进入总选项界面）\n2.输入cp2k（进入cp2k选项） 1）添加一个输出文件的输出路径 2）进行输入文件的选项选择 3.关于在multiwfn生成cp2k文件的选项说明 1）-11 Enter the interface for geometry operations(几何操作) -10：返回上一级 -9：恢复到原始状态（即撤销所有的操作） -1,-2,-3,-4：输出‘xyz’，‘pdb’，‘gif’，‘cif’文件\n0：可视化界面（即时查看结构，检查原始文件或操作后的结构是否正确\n1：平移原子 1）选择原子 2）确定方向（x，y，z；向量形式移动） 2:\n2) -10 Return（返回） 返回上一级\n3） -9 Other settings（其他设置） 4） -7 Set direction(s) of applying periodic boundary condition, current: XYZ （周期性方向设置） 对某方向是否有真空层阶段（XYZ为全方向周期性） 存在X,Y,Z,XY,XZ,YZ,XYZ七个周期性选择\n5） -4 Calculate atomic charges, current: None（计算原子电荷） 6） -3 Set exporting cube file, current: None（导出cube文件） 7） -2 Toggle exporting .molden file for Multiwfn, current: No（导出.molden文件） 8）-1 Choose task, current: Energy（任务类型选择） 基础计算 任务 使用方法 输出结果 Energy 单点计算（固定结构） 总能量 Energy + force 单点 + 力计算 能量 + 原子力 结构优化 任务 使用方法 输出结果 Opt (fixed cell) 优化原子坐标 优化结构 + 能量 + 力 Opt (cell + atoms) 优化原子 + 晶胞 结构 + 晶胞参数 + 能量 振动分析 任务 使用方法 输出结果 Vibrational Hessian 计算 频率 + 模式 + ZPE 动力学 任务 使用方法 输出结果 MD 时间步积分（NVE/NVT/NPT） 轨迹 + 能量 + 温度 PIMD 量子核MD 量子轨迹 + 能量分布 反应路径 任务 使用方法 输出结果 TS (Dimer) 过渡态搜索 TS结构 + 能量 NEB (BAND) 初态→终态路径优化 能垒 + MEP 光谱与响应 任务 使用方法 输出结果 NMR 核磁响应计算 化学位移 Polarizability 外场扰动 极化率张量 XAS 核激发计算 吸收谱 误差修正 任务 使用方法 输出结果 BSSE Counterpoise 方法 修正能量 电子动力学 任务 使用方法 输出结果 Real-time TDDFT 时间传播电子结构 激发态动力学 9） 0 Generate input file now!（生成文件） 10） 1 Choose theoretical method, current: PBE（泛函） 1、DFT 泛函 1. LDA（局域密度近似） Pade (LDA) 特点：\n仅依赖电子密度 ρ(r) 计算速度快 过度束缚（键长偏短） 适用：\n初步测试，不推荐用于实际研究 2. GGA（广义梯度近似） PBE（最常用） revPBE PBEsol BP86 BLYP RPBE 特点：\n引入密度梯度 ∇ρ 计算成本低 精度优于 LDA 差异说明：\nPBE：通用选择 RPBE / revPBE：吸附能更弱（更保守） PBEsol：适合固体结构优化 推荐：\nMOF：PBE + D3 3. meta-GGA TPSS SCAN r2SCAN（推荐） revTPSS MN15L B97M-rV 特点：\n引入动能密度 τ 精度高于 GGA 成本略高 推荐：\nr2SCAN + D4（当前主流） 2、杂化泛函（Hybrid Functionals） 1. 标准杂化泛函 PBE0 B3LYP BHandHLYP M06-2X PBEh（自定义 HF 比例） 特点：\n包含 Hartree-Fock 交换 精度高 成本较高（O(N⁴)） 2. 屏蔽杂化泛函 HSE06（推荐） 特点：\n只在短程引入 HF 适合周期体系（MOF、固体） 3. ADMM 方法 示例：\nPBE0 with ADMM B3LYP with ADMM HSE06 with ADMM 作用：\n降低 HF 计算成本 CP2K 中常用加速技术 4. RI-HFX RI-HFX（Resolution of Identity） 作用：\n加速 HF 交换积分计算 3、双杂化泛函（Double Hybrid） RI-B2PLYP RI-B2GP-PLYP RI-DSD-BLYP RI-revDSD-PBEP86 特点：\n结合 DFT + HF + MP2 精度高 成本极高 适用：\n小体系 benchmark 4、后 HF 方法（Wavefunction Methods） 1. MP2 RI-MP2 RI-SCS-MP2 特点：\n显式电子相关 精度高于 DFT 2. RPA RI-(EXX+RPA)@PBE 特点：\n对范德华作用描述更准确 适合吸附体系 3. GW 方法 GW@BHandHLYP GW@MN15L 特点：\n用于能带结构计算 计算带隙和光学性质 5、经验泛函 BEEF-vdW HLE17 特点：\n针对表面/吸附优化 可提供误差估计（BEEF） 6、半经验方法 1. xTB 系列 GFN0-xTB GFN1-xTB GFN2-xTB（推荐） 特点：\n计算速度极快 适合高通量筛选 2. PM6 传统半经验方法 精度较低（不推荐） 3. DFTB SCC-DFTB + dispersion 特点：\n比 xTB 更高精度 依赖参数库 7、分子力学 FIST module 特点：\n基于经典力场（UFF、CHARMM等） 不考虑电子结构 用途：\n分子动力学模拟 大规模体系 11） 2 Choose basis set and pseudopotential, current: DZVP-MOLOPT-SR-GTH（基组和赝势） 一、 GTH 赝势基组 (只算外层电子，速度快) 这类基组需配合 GTH 赝势使用，专为凝聚态和周期性体系设计。\n类别 编号与名称示例 特点与适用场景 **MOLOPT ** 1 SZV... 到 5 TZV2PX...\n(如: 2 DZVP-MOLOPT-SR-GTH) CP2K 官方首选。专为凝聚相优化，消除线性相关报错。\n**传统 GTH ** -1 SZV-GTH 到 -6 QZV3P-GTH 早期标准高斯基组，精度划分细致。 ccGRB 家族 7 ccGRB-D 到 9 ccGRB-Q 关联一致性基组。专为高级波函数方法 RI 辅助基组 20 cc-DZ with RI_DZ 等 附带 RI（恒等分辨）辅助基组。**计算杂化泛函 二、全电子基组 (计算所有电子，精度高，计算慢) 不使用赝势，直接算清所有内外层电子。\n类别 编号与名称示例 特点与适用场景 **def2 ** 12 Ahlrichs-def2-TZVP\n16 Ahlrichs-def2-QZVP 现代量子化学的黄金标准。具有极好的化学准确度。\n**pob **\n13 pob-TZVP\n14 pob-DZVP-rev2 对标准分子基组去除了过于弥散的函数。\n**Pople ** 10 6-31G*\n11 6-311G** 经典的传统基组，历史悠久，目前主要作为比对参考 12） 3 Set dispersion correction, current: None（色散矫正） 13） 4 Switching between diagonalization and OT, current: Diagonalization（SCF求解器） 14） 5 Set density matrix mixing, current: Broyden mixing（密度矩阵混合算法） 15） 6 Toggle smearing electron occupation, current: No（电子占据展宽） 16） 7 Toggle using self-consistent continuum solvation (SCCS), current: No（隐式溶剂模型） 17） 15 Toggle calculating excited states via TDDFT, current: No（含时DFT） ","date":"2026-03-13T18:13:52+08:00","permalink":"https://chemcheems.top/p/2/","title":"使用multiwfn生成 cp2k input文件(.inp文件)"},{"content":" 注意：以下操作仅适用于 Linux 系统\n修改 Conda \u0026amp; Pip 下载源 将包管理器源更换为国内镜像，显著提升下载速度。\n1. 修改 Conda 源 找到 ~/.condarc 文件，用以下内容替换（以清华源为例）：\n1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 channels: - defaults show_channel_urls: true default_channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2 custom_channels: conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud 2. 修改 Pip 源 在终端中执行以下命令：\n清华源 1 pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 阿里源 1 pip config set global.index-url https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ 腾讯源 1 pip config set global.index-url http://mirrors.cloud.tencent.com/pypi/simple ","date":"2026-03-13T18:13:52+08:00","permalink":"https://chemcheems.top/p/conda-pip-mirror/","title":"修改 conda \u0026 pip 下载源"}]