Raspa2 高通量筛选流程

1. 文件准备及环境配置

1.1 准备以下文件

文件	用途
`force_field_mixing_rules.def`	力场混合规则
`pseudo_atoms.def`	赝原子定义
`high_through_zeo.py`	Zeo++ 高通量脚本
`simulate_raspa2_c.py`	Raspa2 模拟脚本 (C)
`simulate_raspa2_HeVF.py`	Raspa2 He 孔隙率脚本
`simulate_raspa2_KH-Qst.py`	Raspa2 Qst 计算脚本

1.2 将文件放置到项目目录

  graph TD;
    A[high_throughput_projet] --> B(cifs);
    B --> F[准备cif数据集];
    A --> C[上述py文件];
    A --> D[force_field_mixing_rules.def];
    A --> E[pseudo_atoms.def];
    A --> G[CO2.def]

其中 /cifs 为默认放置 cif 文件的文件夹名，可在各 py 文件中修改

2. 修改 Network 路径配置

安装 Zeo++ 后，在终端输入：

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nano ~/.bashrc

在文件末尾添加：

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export PATH="/home/username/software/zeo++-0.3:$PATH"

使其生效：

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source ~/.bashrc

3. 修改 Python 文件配置

3.1 修改 Conda 环境名称

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subprocess.run(
    [CONDA_EXE, "run", "-n", "raspa2_env", "simulate"],
    cwd=sim_dir,
    check=True,
    capture_output=True,
    text=True,
)
# 将 raspa2_env 改为你的 conda 环境名

3.2 修改多进程数

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with ProcessPoolExecutor(max_workers=56) as executor:
    # 将 max_workers 设为需要使用的物理核数

可在终端使用 lscpu 获取 CPU 信息，Core(s) per socket: 即为物理核数